Crna Gora, odnosno Zavod je uključen u realizaciju monitoringa EMEP, koji je sastavni dio Protokola EMEP, Konvencije o prekograničnom transportu zagađenja putem atmosfere na velike daljine (CLRTAP-Convention on Long-Range Transport of Atmospheric Pollution) još od 1993. Tada je na meteorološkoj stanici Žabljak otvoreno mjerno mjesto na kome je realizovan tadašnji program EMEP monitoringa, čime je i područje Crne Gore uključeno u mrežu EMEP, čije stanice su do tada imale sve republike bivše SFRJ, osim Crne Gore.
   Uloga Zavoda je u tom periodu bila prilično pasivna. Zavod je vršio prijem opreme i rastvora za uzorkovanje i transport uzoraka do Saveznog hidrometeorološkog zavoda, gdje je vršena analiza uzoraka, njihova obrada i izvještavanje prema EMEP centru. Ovakav režim rada je vršen do 1999, kada je prestala primopredaja uzoraka i saradnja u ovom smislu između SHMZ i RHMZ. Zavod je i dalje realizovao prethodni program, osim mjerenja sadržaja teških metala, ali nije ostvarena komunikacija sa EMEP centrom.
   Nova epoha u okviru EMEP aktivnosti počinje 2014, prihvatanjem IPA projekta za jačanje kapaciteta državnih institucija u oblasti praćenja kvaliteta vazduha. Prethodno je Zakonom o kvalitetu vazduha, nadležnost nad sprovođenjem EMEP programa dodijeljena Zavodu, što je bila logična verifikacija činjenice da su u redovnom EMEP monitoringu uključena i meteorološka mjerenja, kao sastavni dio ukupnog mjernog programa, bitna za tumačenje i ocjenu rezultata mjerenja.
   Crna Gora je inače, kao samostalna država ratifikovala Konvenciju LRTAP i time se obavezala za implementaciju protokola ove konvencije, među kojima je i EMEP. Procedura ratifikacije i implementacije protokola Konvencije je podržana regionalnim projektom (Balkan projekat), finansiranim od holandske Vlade, 2012, a jedan od korisnika u Crnoj Gori bio je i Zavod.
   Pomenuti IPA projekat je omogućio kvalitativni iskorak Zavoda, sadržan u kvalitetnoj i propisanoj realizaciji savremenog nivoa monitoringa EMEP, obezbjeđivanjem nove stanice na novoj, reprezentativnoj lokaciji, a u skladu sa zahtjevima EMEP Protokola.